Türkiye İşçi Partisi üyesi olan Kaypakkaya, TİP içindeki Milli Demokratik Devrim-Sosyalist Devrim ayrışmasında Milli Demokratik Devrim tezini savundu. 24 Nisan 1972 tarihinde kurulan Türkiye Komünist Partisi/ Marksist Leninist’in kurucuları arasındaydı.
24 Ocak 1973’de Tunceli’de girilen bir çatışmada yaralanan Kaypakkaya, köydeki bir öğretmenin kendisini ihbar etmesi sonucunda yakalandı. Yaralı olduğunun bilinmesine rağmen saatlerce yürütülmesi nedeniyle ayak parmakları hissizleşti. Bunun sonucunda kaldırıldığı hastanede 20 Şubat 1973’te ayak parmakları kesildi.
İbrahim Kaypakkaya, Diyarbakır’da dört aylık sorgulama ve işkence sürecinden sonra 9 Mayıs 1973’te babasına sorgusunun bittiğini ve görüşmelerinde sakınca olmadığını belirtip, Çapa FKF ile ilgili hakkında açılan bir soruşturma için bazı belgeleri getirmesini istedi. Mahkemeye çıkartılmasına az bir zaman kala, görgü tanıklarına göre 16 Mayıs 1973’te son bir kez sorguya götürüldü ve 18 Mayıs 1973’te yaşama veda etti. Ölüm sebebi kayıtlara intihar olarak geçti.
Kaypakkaya, katledilişinden yıllar sonra da, “Türkiye’nin geleceği çelikten yoğruluyor; belki biz olmayacağız ama bu çelik aldığı suyu unutmayacak” sözleriyle anıldı.
Babası, oğlunun cenazesini teslim almaya gittiği zaman yaşadıklarını şöyle anlatmıştı:
“Oğlumun cenazesini aldım. Taşıması için bir hamal tuttum, ücreti 5 liraydı. Hamal sordu; ‘Bu nedir amca?’
‘Oğlum’ dedim, ‘Solcu, öğrenci. İşkencede öldürüldü.’ Hamal ağladı, parayı da almadı. ‘Kalsın’ dedi.
Kaypakkaya’nın annesi Şükran Kaypakkaya, 2012 yılında oğlunun mezarına gittiği için ifade vermişti. Şükran Kaypakkaya’ya, “Anmada pankart taşıdınız mı”, “Yasadışı bir slogan attınız mı?” gibi sorular sorulmuş, Şükran Kaypakkaya, savcıya “Biz ne yaptık oğlum? İki gözyaşı dökmeyi, bir karanfil koymayı bize çok gördünüz. Bunun neresi suç? Bu nedenle adliyeye gelmek çok ağrıma gidiyor. Ben bir anneyim. Sizin de anneniz var. İstemem sizin anneniz benim yerimde olsun” demişti.
